Một chuỗi ứng dụng là một blockchain độc lập được xây dựng đặc biệt cho một ứng dụng hoặc chức năng cụ thể. Nó có cơ chế đồng thuận riêng, cấu trúc quản trị và phân bổ tài nguyên của riêng mình, và thường duy trì khả năng tương tác với các blockchain khác. Mục tiêu thiết kế của một chuỗi ứng dụng là tối ưu hóa các yêu cầu của các ứng dụng cụ thể, như cải thiện tốc độ xử lý, giảm chi phí giao dịch và tăng cường bảo mật, nhằm giải quyết các vấn đề cạnh tranh tài nguyên và tắc nghẽn trên các blockchain công cộng. Tuy nhiên, so với các giao thức, chuỗi ứng dụng có nhược điểm về yêu cầu kỹ thuật cao và khả năng tương tác kém.