ห่วงโซ่แอปพลิเคชันเป็นบล็อกเชนอิสระที่สร้างขึ้นโดยเฉพาะสําหรับแอปพลิเคชันหรือฟังก์ชันเฉพาะ มีกลไกฉันทามติโครงสร้างการกํากับดูแลและการจัดสรรทรัพยากรและโดยทั่วไปจะรักษาความสามารถในการทํางานร่วมกับบล็อกเชนอื่น ๆ เป้าหมายการออกแบบของห่วงโซ่แอปพลิเคชันคือการเพิ่มประสิทธิภาพความต้องการของแอปพลิเคชันเฉพาะเช่นการปรับปรุงความเร็วในการประมวลผลลดต้นทุนการทําธุรกรรมและเพิ่มความปลอดภัยเพื่อแก้ไขปัญหาการแข่งขันด้านทรัพยากรและความแออัดบนบล็อกเชนสาธารณะ อย่างไรก็ตามเมื่อเทียบกับโปรโตคอลห่วงโซ่แอปพลิเคชันมีข้อเสียของข้อกําหนดทางเทคนิคที่สูงและความสามารถในการเขียนและการโต้ตอบที่ไม่ดี